ステラナビゲータのセットアップは、「標準セットアップ」と「最小セットアップ」、そして必要な機能（コンポーネント）を選んでコピーする「カスタムセットアップ」の3種類があります。ただし、CD-ROMと併用することで、セットアップの種類に関わらず、すべての機能を利用できます。

• 「標準セットアップ」　　：約160MB
• 「最小セットアップ」　　：約40MB
• 「カスタムセットアップ」：下記の機能の組み合わせで異なります。
  ハードディスクにコピーするコンポーネントの種類と容量
  「天体画像/ムービー/音声」：約100MB（標準セットアップの範囲）
  「星空解説」　　　　　　　：約20MB（標準セットアップの範囲）
  「スライドショー」　　　　：約40MB
  「プラネタリウム」　　　　：約300MB
  「ガイドスターカタログ」　：約500MB（「DISC2」に収録）

セットアップオプションの「最小インストール」を選択してインストールすると、ハードディスクに約40MBほどのファイルをコピーします。この容量は、ハードディスク全体のサイズやフォーマットの形式によって、増える場合があります。

また、インストール前にハードディスクの空き容量が、40〜50MB以下であった場合、インストールの途中で容量が不足することがあります。これは、セットアッププログラムが処理をおこなうのに、一時的にハードディスクを使うためです。

なお、Windows全般の問題として、ハードディスクにある程度の空き容量がないと、仮想メモリを確保できないため、ソフトが起動できなくなることがあります。ハードディスクの空き容量がほとんどゼロになった場合、ご注意ください。

このほか、圧縮されたドライブにインストールする場合、たとえば空き容量が200MBと表示されていても、実際に使用できる空き容量が30MB程度しかないこともあります。一部のパソコンでは、出荷時にハードディスクが圧縮ドライブに設定されていますのでご注意ください。